Ethan Burke raakt tijdens zijn werk voor de Secret Service in Seattle betrokken bij een auto-ongeluk en ontwaakt in een ziekenhuis in het eigenaardige stadje Wayward Pines. Al snel heeft Burke (gespeeld door Matt Dillon) in de gaten dat er iets niet helemaal pluis is in Wayward Pines en probeert hij uit te vinden wat dit is. Hierbij stuit hij op het lijk van een oude bekende en krijgt hij te maken met de corrupte sheriff Pope, wat voor hem reden genoeg is om het stadje te verlaten. Dit blijkt echter nog niet zo eenvoudig. Rondom het stadje staat een metershoge muur die beveiligd is met hoogspanning, en alle inwoners van Wayward Pines zijn voorzien van een chip zodat hun doen en laten continu gevolgd kan worden. Alsof dit allemaal al niet vreemd genoeg is, ontdekt Ethan dat zijn…