Na het overlijden van zijn opa staat de wereld voor Jake voorgoed te veranderen. Er staat iets bijzonders te gebeuren en Jake komt achter een groot mysterie. Hierbij komt hij terecht bij het weeshuis waar zijn opa is opgegroeid. Het weeshuis voor bijzondere kinderen van Miss Peregrine. Beetje bij beetje komt hij achter het verhaal dat zij geheim proberen te houden, en ontdekt hij dat niets meer veilig is. Hij komt in aanraking met een paar krachtige vijanden, moet zijn eigen bijzonderheid leren kennen en zijn nieuwe vrienden in veiligheid zien te brengen. Het hele verhaal alsook de filmsetting doet een beetje denken aan Alice in Wonderland, waarbij je van de normale wereld in een bijzondere wereld terecht komt door het konijnenhol, en het konijntje met de tikkende klok. In Miss…